当前在教育的宏观研究与操作层面的研究中，常有相互脱节的现象，严重影响了学科教育学的建设及其对实践的指导。例如，我们常说要培养学生的能力，这是一个宏观的课程目标。可是在课程的实践中，我们却没有培养能力的操作。从教学论的视角来看培养能力理应让学习者通过综合性的实际活动实行．以综合性的实际活动让学习者获得能力和经验。但是在课程的实践中我们往往注重课程的知识，把知识的获得视为教学的第一要义。80年代，有的同志针对学生高分低能的状况，提出了两个课堂、两个渠道的建议。上午的课程是第一课堂的课程，注重学科的基础知识。下午的课程是第二课堂的课程，注重综合性的实践活动。这样的课程结构有可能使学生既有一定的双基，又获得一定的能力培养。但是在具体操作的研究中，一是没有综合性活动的设计；二是没有相应综合性能力评价的研究及其与高考的相关性的研究；三是没有把下午划为第二课堂后如何改革第一课堂的课程操作性思考；四是没有适应第二课堂教学的师资培训计划；五是削减了第一课堂课时数后，未能解决对这种第一课堂课程的学习进行评价的问题。显然．由于这些操作性的问题都没有得到认真的研究，这种建议就不能很好地落实。
要发展学生的智力，这也是一个宏观的课程目标。众所周知，培养学习者的智力理应在抽象的层次上让他们获得思考。著名心理学家布鲁纳指出，发展学生的智力既要符合学习者思维发展的现实阶段，又要不断使他们向更高的阶段努力。这其实也就是赞科夫的最近发展区的教育思想。然而，我们在一元化的课程体制下，强调学生学习统一的课程，不论学生的思维水平的实际状况如何，都在同一层次上进行教学。为了适应资质一般的学生的思维水平，我们可以不惜砍去学科的理论结构，致使有可能在智力上进一步发展的学生也停留在原先的水平上。这也是宏观决策与具体操作研究脱节的一个事例。
学科教育学的建设是一项科学的工作，因此就来不得半点的虚假。学科教育学的研究是一项宏观和微观相结合的研究．因此就不能光从技法的层面人手。学科教育学的建设是一项整体性的研究，因此就不能单从一门学科教育研究的思路出发。